同時(shí)成立海軍參謀司和海軍裝備司、訓(xùn)練管理司、后勤司，各司主官由他們提報(bào)，兵部審核。

        設(shè)海軍總督或海務(wù)大臣一名，統(tǒng)籌海軍軍務(wù)，設(shè)參政兩人，一人協(xié)助總督處理軍務(wù)，一人主管訓(xùn)練。

        海軍總督正二品、參政從二品、各司主官從二品。

        第一階段，海軍接受軍機(jī)處的戰(zhàn)略指導(dǎo)和兵部監(jiān)察，但在訓(xùn)練、作戰(zhàn)中獨(dú)立自主，只需要報(bào)備即可，避免外行指導(dǎo)內(nèi)行。

        第二階段，待蒸汽機(jī)戰(zhàn)船速度能達(dá)到日行一千或者陸路傳信能達(dá)到日行千里以上，軍機(jī)大臣中必須有一位懂海軍作戰(zhàn)的武將，同時(shí)海軍接受軍機(jī)處節(jié)制?！?br>
        “海軍初設(shè)，朕依舊乾綱獨(dú)斷，

        由鄭芝龍擔(dān)任海軍總督加兵部尚書銜，提調(diào)海軍一切軍務(wù)；

        登萊水師艦隊(duì)總兵楊肇基任海軍左參政兼登萊海軍艦隊(duì)總兵加兵部左侍郎銜；

        南京水師總兵楊擔(dān)任海軍右參政兼南京海軍總兵加督查院監(jiān)察御史銜；

        水師陸戰(zhàn)軍總兵俞咨皋擔(dān)任監(jiān)正兼海軍陸戰(zhàn)軍總兵，統(tǒng)領(lǐng)海軍下轄所有海軍陸戰(zhàn)軍，加督查院左督副御史，監(jiān)察海軍。

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